Фильм Космонавт рассказывает о чешском космонавте Якубе, который уже несколько месяцев одинок исследует таинственное сиреневое облако у Юпитера. В то время как на Земле его беременная жена решает уйти, руководство миссии запрещает сообщать ему об этом, создавая атмосферу напряжения. Вдруг на борту его космического корабля появляется дружелюбный инопланетянин в обличии гигантского мохнатого паука, который говорит человеческим голосом. Неожиданная встреча с инопланетным существом заставляет Якуба пересмотреть свои приоритеты, столкнуться со своими внутренними страхами и открыть новые горизонты как в космосе, так и в личной жизни.