Противостояние людей и машин достигло своего пика: последние оплоты Реального Мира готовятся к решающим сражениям с превосходящими силами противника, не имея ни малейшего шанса выжить. В то время как Нео находится между Матерью и реальным миром, его сторонники уверены, что он должен положить конец войне, однако они не знают, что существует еще одна сила, которая хочет уничтожить людей и машины, но даже не подозревают о ее существовании. Защитники Зиона борются за свою жизнь и будущее человечества.